1. 行政司：负责国家原子能机构的行政、后勤和保障体系，负责核材料管制的实体保卫和核电站消防工作的管理；
2. 系统工程司：负责组织重大核能科研项目的论证，负责核电站和核燃料的发展规划以及重大项目的建设、管理和监督，负责国家核事故应急的日常工作；
3. 国际合作司：负责组织、协调原子能领域政府及国际组织间的交流和合作，承办核进出口许可审查及政府保证；
4. 综合计划司：负责审批核能研究规划，编制核能开发的年度计划；
5. 科技质量司：负责组织开展核能预先研究，制定核能技术标准。
